O medicamento manipulado permite o ajuste de doses ou concentração dos fármacos à forma farmacêutica.

A prescrição magistral permite realizar associações de fármacos que, muitas vezes, não estão disponíveis no mercado tradicional. São amplamente conhecidos os efeitos positivos das associações.

Através da manipulação, o prescritor pode optar pelo uso da forma farmacêutica que mais se adéque à via de administração escolhida ou às condições específicas do paciente. É também possível escolher o veículo ou excipiente ideal para pacientes sensíveis a determinados ingredientes presentes na formulação (ex. conservantes, lactose, corantes, flavorizantes, essências) ou para pacientes que apresentem restrição de uso para alguns destes componentes (ex. pacientes diabéticos com restrição à ingestão de açúcar). Podemos citar a importância da preparação magistral na forma oral líquida para pacientes pediátricos e idosos, com problema de deglutição de comprimidos, facilitando a adesão ao tratamento. Em diversas formas farmacêuticas que podem ser manipuladas estão as cápsulas, tabletes, pastilhas, soluções orais e tópicas, suspensões orais e tópicas, xaropes, elixires, emulsões orais, gotas orais, gotas sublinguais, supositórios retais, óvulos, supositórios uretrais, preparações nasais (gotas, géis, spray), remes, loções, pomadas, géis, pós-orais, e tópicos, colutórios, enxaguatórios bucais, soluções e suspensões, preparações transdérmicas, sachês, shakes, sopas, chocolates, gomas, etc. É possível ainda a obtenção de cápsulas de liberação entérica ou liberação lenta. A flavorização personalizada de formas farmacêuticas orais de acordo com a preferência do paciente é um fator diferencial na adesão ao tratamento por pacientes pediátricos, adultos e mesmo para pacientes veterinários. Excipientes poderão ser isentos de açúcar (sugar-free), lactose (lactose-free), conservantes (preservative-free), corantes (dye-free), flavorizantes (flavor-free), perfume (fragance-free) e substâncias oleosas comedogências (oi-free).

Através da manipulação, é possível resgatar medicamentos que foram retirados pelos laboratórios por não serem economicamente viáveis ou interessantes ao mercado. Medicamentos que sofreram alterações na composição, dose ou forma farmacêutica também podem ser manipulados.

São medicamentos não desenvolvidos pela indústria farmacêutica por razões econômicas, porém de interesse à saúde pública. Os medicamentos manipulados podem representar uma alternativa muito efetiva para o tratamento destes pacientes e devem ser destacado, principalmente devido ao fato de que proporciona garantia de disponibilidade imediata de formas farmacêuticas e dosagens não disponíveis no mercado de produtos industrializados. A farmácia magistral disponibiliza também uma série de suplementos nutricionais contendo ingredientes ativos, muitas vezes, não encontrados no mercado tradicional.

Fármacos usados primeiramente para uma determinada doença passam a ser empregados, posteriormente, para combater outra enfermidade. Quase sempre, a segunda vez que um fármaco é usado, requer concentrações e/ou formas farmacêuticas não disponibilizadas no mercado. Contudo, na manipulação, é possível veicular os fármacos nas dosagens e apresentações adequadas para situações clínicas diferenciadas.

A farmácia magistral adquire matéria-prima utilizada na preparação de seus produtos diretamente dos fornecedores importadores, vendendo diretamente ao consumidor. O menor número de intermediários na cadeia comercial e o menor custo dispendido com marketing consistem os principais motivos do menor custo do medicamento manipulado.

Prescrição magistral utiliza a nomenclatura genérica e descreve a forma farmacêutica e a dose ou concentração do fármaco. O receituário é único, diferenciado e nominal ao paciente. Há um aumento na adesão ao tratamento decorrente desta personalização farmacoterapêutica.

Na farmácia magistral, o preparo do medicamento está condicionado à apresentação de uma receita prescrita por um profissional autorizado. Esta situação evita abusos e os riscos inerentes da automedicação. Além disso, a presença efetiva do profissional farmacêutico representa uma garantia fundamental para o uso racional do medicamento.

A base da farmácia magistral está no relacionamento entre o farmacêutico, o médico e o paciente. Esta união multiprofissional em prol da saúde do paciente representa fator importante para se estabelecer um tratamento eficaz e personalizado.